月经总不干净能不能打黄体酮，要看子宫内膜的厚度。如果子宫内膜比较厚，超过10mm，这时候打黄体酮可以让子宫内膜脱落，起到一种药物性刮宫的作用，能够使月经来得很干净。
如果检查出子宫内膜很薄，小于8mm，这种情况打黄体酮并不能起到治疗效果，需要吃一些止血药物，比如宫血宁或者是云南白药胶囊，才能够使月经血及时干净。
另外，如果是更年期女性出现月经总不干净，最好做诊断性刮宫，将刮出来的内膜做病理化验，这样才能够知道病因。