小便时有点痛可能与泌尿道感染有关。因为当泌尿道内存在感染时，会导致局部的黏膜充血、水肿，严重时会糜烂出血，就会出现排尿疼痛的症状。在排尿时疼痛感较强，不排尿时疼痛会减轻，在进行尿常规以及尿液培养检查时能够明确诊断。
夫妻双方在性生活时暴力性交，有可能会导致尿道损伤，也会导致小便时尿道疼痛。疼痛不太严重，通常在休息2~3天后会自行恢复。
当男性存在不洁的性生活时，可能会传染上一些性传播疾病，比如淋菌性尿道炎，也会引起小便疼痛的症状。