孕妇做CT主要危害就是电离辐射，胸部CT离腹部较近，所以电离辐射较大。电离辐射对孕妇早期危害大，晚期危害较小。
孕妇初期，3个月之内受精卵在腹部着床，稳定性较差，再受到辐射，很容易引起染色体畸形。
如果受到辐射伤害，胎儿有影响，有可能会自然流产，有的染色体防御机制系统没有检测出来，6~7个月产检时发现，胎儿畸形率很高。所以孕妇，尤其初期，尽量避免有辐射的检查。
但是3个月后的孕妇，胎儿着床比较稳定时候，胎儿基本成形，做胸部CT时，一般不会有问题，并且影像科医生为孕妇用铅衣防护，月份越大的胎儿，对辐射抵抗力越好。