种牙二期比一期更痛，考虑有以下方面的原因：
1.种牙二期手术切口较小、相对手术创伤较小、在进行局部麻醉时使用麻药量较小、麻醉范围较小，可能出现创口处未完全麻醉的状态，所以有的感觉二期手术更痛。
2.个人的感觉不同。感受了第一次的手术以后，部分可能会产生紧张、恐惧，导致心理上感觉第二次手术更痛。
3.麻醉方法不同。第一次手术切口较大、创伤也大，为取得良好麻醉效果，有的医生可能会采取阻滞麻醉方法，相对麻醉区域较大、效果更好。对于二次手术一般比较简单，大多采用局部浸润麻醉，麻醉区域较小，神经末梢可能会有疼痛感觉。