疾病急性发作时，需要快速给氧，注射吗啡止痛、注射阿托品，降低迷走神经张力，防止肺血管及冠状动脉反射性痉挛、抗心衰、抗休克及水电解质平衡治疗。
另外还要给予抗凝治疗，早期给予肝素，逐渐过渡到口服抗凝药物抗凝治疗，需要进行12周，另外还要给予溶栓治疗，对于抗凝治疗无效、大的肺动脉栓塞或者反复肺动脉栓塞，使肺循环阻断大于50%并导致肺动脉高压者，考虑给予手术治疗。
栓塞部位确定者，可行肺栓子切除术、也可行下腔静脉阻断术，以减少来自盆腔和下肢的败血症栓子循环入血，对于如何防治肺动脉血栓栓塞性病变，预防肺动脉高压和肺动脉瘤的产生，目前没有相关治疗，有待今后深入研究。