预防肛周脓肿的方法有治疗便秘、腹泻、避免直肠外伤、积极治疗原发病、增强抵抗力。
肛周脓肿的致病因素最多见于肛隐窝感染，引起感染灶沿着肛门直肠间隙蔓延，形成肛周脓肿，而便秘和腹泻都能增加直肠粘膜水肿引起感染，所以要积极处理便秘和腹泻。
还有是误服质地坚硬的异物，比如鱼骨、鸡骨等，划伤直肠黏膜造成出血和感染。而患有结核病、糖尿病、恶性肿瘤的患者，机体抵抗力和免疫力下降，导致肛门直肠抵抗力减弱，容积诱发肛周脓肿，所以要及早治疗原发病。