巨结肠的治疗，主要是及时进行手术治疗，避免出现营养不良以及危及生命的情况。巨结肠一般越早治疗越好，并发症发生的概率也会相应地下降。
巨结肠有先天性巨结肠症以及继发的巨肠症，一般新生儿期主要是先天性的。但是如果是非新生儿期就需要警惕是由于继发性的，尤其是患有严重肠道感染以后出现。
进行手术后可能会出现一系列并发症，尤其是容易发生营养不良，所以需要加强喂养，但是尽量少量多餐，避免过度喂养。