化脓性骨髓炎病因可以分为三类：
首先，当感染发生在身体其它部位时，如毛囊炎、呼吸道感染和其它感染，这些感染部位细菌将随血液流遍全身。当细菌随着血流到达骨头两端时，血流会减慢，细菌会很容易留在这里，进一步繁殖会导致局部感染和骨髓炎。
其次，骨周围感染。如慢性腿部溃疡引起胫骨骨髓炎，糖尿病足引起足部骨髓炎，骨邻近组织感染，细菌可直接引起骨髓炎。
再次，骨折或骨折后感染。骨折后受损骨直接暴露在外，这也可能导致骨细菌感染引起的骨髓炎。此外，骨折手术也有发生骨髓炎的风险。