喉咙痛扁桃体发炎通常需要根据病理性针对性用药治疗，细菌性感染通常需要使用抗生素药物治疗，热毒性感染则需要使用抗病毒药物。
如果是细菌性感染引起的，一般可以使用左氧氟沙星、阿莫西林胶囊、诺氧氟沙星，可以起到抗菌消炎的作用，用药以后有利于体内的细菌杀灭和炎症消除，从而可以改善咽喉和扁桃体发炎引起的红肿和疼痛不适症状。
如果是病毒性感染引起的，多数需要使用利巴韦林等抗病毒药物，用药以后有利于体内病毒消除，从而可以使扁桃体喉咙部位的炎症消除，防止感染的程度加重。