克罗恩病目前还没有特效的疗法，不出现并发症时，支持治疗和对症治疗是十分重要的，可以缓解病情。活动期的病人，要卧床休息。给予病人高营养、低渣饮食。严重病例应该暂时禁食水，补液纠正水电解质离子紊乱，可以采用肠内或者肠外高营养支持。当病人出现贫血时给给予输血治疗。低蛋白血症时要补充蛋白。活动期症状的控制可以选用水杨酸偶氮磺胺吡啶以及肾上腺皮质激素。解痉的药物、止痛药物、止泻药、控制继发感染药物有助于症状的缓解。
如果病人出现肠梗阻、肠瘘、肠间脓肿形成时或者肠道穿孔，或者不能控制的肠道大出血时这时候就要选择外科手术治疗了。