肥胖的病因和发病机制尚未完全清楚，其主要的原因是摄入的能量大于消耗的能量，但遗传因素是不可忽视的。一般认为人类的种族易患性肥胖的基因和肥胖相关基因的变异，包括突变与多态性以及个体的代谢类型，包括食欲、消化吸收的功能、睡眠的质量和代谢的效能，是单纯性肥胖的一个发病基础。而不良的生活方式，包括体力活动过少和能量摄入过多为发病的必要条件。流行病学调查也表明，多数单纯性肥胖有家族发病的倾向，肥胖父母所生子女中患单纯性肥胖者，比父母双方体重正常者所生子女要高5-8倍，所以基因方面的一个原因也是不可忽视的。但多数单纯性肥胖并非肥胖基因或肥胖相关基因变异所致，从大样本肥胖人群的调查中发现，约有250个基因或表达序列标志与肥胖是相关的，其中有一些基因的生物学行为可能在肥胖的发病中起了关键作用，而另一些基因所引起的作用相对较弱，但目前研究还不深入，这是单纯性肥胖。一些继发性肥胖就需要查它的原因，比如甲减就会造成肥胖，甲减纠正了，那么肥胖也会随之治愈。