男性尿道流脓、刺痛通常表明存在尿道炎，主要是使用抗菌的药物进行治疗。在感染初期可以使用头孢菌素类的药物治疗，比如头孢曲松钠或者头孢克肟，可口服也可肌肉注射。如果感染比较严重，还可联合应用喹诺酮类的药物进行治疗，比如左氧氟沙星、环丙沙星等。
如果使用以上药物治疗效果不太理想，还可进行药物敏感试验，选择敏感的抗菌药物进行针对性治疗。
在治疗的过程当中一定要足量、足疗程用药，并且注意生理卫生、避免性生活、多注意休息，有助于尿道炎疾病的康复。