早孕反应严重的原因大部分不明确。不过也有的因素可能导致早孕反应严重，比如导致血HCG明显增高的葡萄胎或者双胎妊娠。也有一部分是怀孕合并有短暂的甲状腺功能亢进，导致早孕反应严重。
如果怀孕后精神过度紧张、焦虑、忧虑或者生活环境差、经济状况差的女性，也容易出现早孕反应重。
另外，早孕反应严重的女性也可能与体内维生素B1缺乏，或者过敏反应，或者合并有幽门螺杆菌感染有关。当早孕反应严重到不能进食，导致脱水、尿液化验显示酮体强阳性时，考虑妊娠剧吐，建议住院治疗。