一般来说，医生根据患者的临床特征加上用药史和典型肾脏病理改变，有助于确诊马兜铃酸肾病。
首先，患者要有明确服用含马兜铃酸的中草药史，尤其是含有关木通的草药，或者在患者服用的药物中检测到马兜铃酸，或患者血液中检测到马兜铃酸。
其次是临床表现，患者出现肾功能不全，伴有严重的贫血、蛋白尿，尿中有或者没有红细胞。
最后就是肾脏病理改变，急性马兜铃酸肾病有片状肾小管上皮细胞坏死。慢性马兜铃酸肾病突出表现是间质纤维化，还要排除其它原疾病造成的肾小管间质性疾病。通过以上几点，就基本可以确诊。