对于恶性葡萄胎的女性首选是以化学药物治疗为主，还可能需要进行手术和放疗来辅助治疗。
绝大多数情况下都可能需要使用甲氨蝶呤来进行肌肉注射。同时还可能需要使用放线菌素D进行静脉滴注，使女性的HCG激素水平恢复到正常范围以后，再进行巩固治疗一个疗程，这样才有可能将其完全治愈。
对于高危恶性葡萄胎的患者，还可能需要使用氟尿嘧啶以及长春新碱等化学药物来进行联合治疗。如果化疗治疗后效果不佳，而且女性年龄又超过40岁，还可能需要行手术将子宫切除以降低风险。