颅底凹陷症的病情越轻，治疗越及时，预后越好。反之，病情越严重，凹陷严重，预后较差。
该种病症主要是由先天畸形导致的，枕骨大孔周围的颅底骨向上陷入颅腔，迫使其下方的寰枢椎升高进入颅底，可合并部位的其他骨质发育异常，也可合并神经结构异常。
主要的临床表现为眼球震颤、眩晕、四肢和躯干运动和感觉障碍。重者可出现呼吸抑制、睡眠性呼吸困难等。治疗方法为主要以手术治疗为主，颅底凹陷症常合并齿状突异常，并使齿状突突入颅后窝，进而压迫桥延脑和颈髓，用Halo环行颈椎牵引治疗有症状的患者多可改善症状。