重叠综合征的治疗要根据患者具体的病变，以及脏器损害的严重程度等来决定。
比如如果患者存在有发烧、皮疹，可以适当应用糖皮质激素治疗。如果患者存在有关节的肿胀、疼痛，可以应用非甾体抗炎药，如布洛芬、美洛昔康等抗炎止痛对症处理。如果合并有重要脏器的损害，比如严重的肝脏损害、肾脏病变、血液系统损害、神经系统病变等，往往需要应用大剂量的糖皮质激素或者静脉输注甲强龙，联合免疫抑制剂，如环磷酰胺、甲氨蝶呤、硫唑嘌呤、他克莫司等治疗。
如果合并有感染，还需要应用有效的抗感染药物治疗。