肝囊肿治疗主要有药物治疗和手术治疗，但是以手术治疗为主。
药物治疗可以使用生长抑素。有部分报道对肝囊肿可以起到缩小的效果，但是临床上不经常使用。
手术治疗是肝囊肿目前主要的治疗方法，其中手术治疗中最主流的方法是腹腔镜下行囊肿开窗术。在囊肿下端开一个小窗，使其囊肿液自行流到腹腔内，以达到治愈肝囊肿的效果。
其他还可以有经皮经肝穿刺术抽取囊肿液，但是这类方法容易引起肝囊肿复发，可以使抽取的囊肿液再次生长，甚至产生比原先肝囊肿更加体积增大的新发肝囊肿。其次，也可以通过介入手术或者肝脏部分切除术来彻底治疗肝囊肿。