在临床上衣原体感染的原因有很多，可以经过多种方式进行传播，其中最常见的原因是性传播。
往往是由于患者有不洁性生活史，或者男方有生殖道炎症。如果接触了患者的私人物品，或者与感染衣原体患者用同一处水源洗澡，都有可能间接导致衣原体的交叉感染。另外，女性在分娩的时候，也容易造成生殖道的衣原体感染。并且新生儿也会在分娩的过程中感染，往往会得衣原体肺炎或者结膜炎。
感染衣原体的患者，身体的抵抗力会下降，如果不及时治疗，可能会出现反复感染的情况。患者应该注意个人卫生，不要将私人物品与其他人共用。感染衣原体之后，及时到医院就诊。