部分胃梅毒患者治愈后会遗留后遗症。
有些患者治疗的时间比较晚，可能早期没有及时确诊，可以导致胃窦部的黏膜发生增生，胃窦部位的反复增生会引起幽门部位的狭窄，特别严重的患者可以发生幽门梗阻，即使梅毒螺旋体能够杀灭，也无法改变幽门狭窄的症状。
胃梅毒主要见于三期梅毒的患者，胃感染梅毒后会表现为胃黏膜的炎症，有些患者可以发生胃黏膜的溃疡。
如果在发病早期积极的进行抗炎治疗，将梅毒螺旋体彻底消灭，患者胃部的炎症会明显好转，不会遗留后遗症。