咽喉良性肿瘤的病因常见于吸烟、饮酒过度、慢性炎症刺激，如慢性喉炎或呼吸道炎症、空气污染、病毒感染、癌前期病变、性激素等因素。
咽喉良性肿瘤患者的雌激素受体阳性细胞百分率明显增高。喉部角化症和喉部良性肿瘤，如喉乳头状瘤反复发作也可发生癌变，引起咽喉良性肿瘤。
病毒感染可使细胞改变性质，发生异常分裂。病毒可附于基因上，传至下代细胞，导致咽喉良性肿瘤。
酒精长期刺激咽喉部粘膜，可使其变性，从而导致咽喉良性肿瘤。长期吸入有害气体也容易导致咽喉良性肿瘤。