男性出现生殖器疱疹，需要使用抗病毒的药物进行治疗，通常可以口服盐酸伐昔洛韦片或者泛昔洛韦片，还有阿昔洛韦片等，也可以配合静脉输液等方法进行抗病毒治疗。
外用抗病毒的药物，通常可以选择阿昔洛韦软膏、喷昔洛韦软膏等。同时要配合免疫调节剂进行治疗，提高机体免疫力，可以减少生殖器疱疹的复发。通常可以口服转移因子口服液或者转移因子胶囊，还可以选择胸腺肽肠溶片等，也可以通过肌肉注射干扰素。
在中医中药方面也可以配合治疗，通常中西医结合治疗效果会比较理想。