睾丸隐隐作痛可以做双侧睾丸、附睾、精索静脉的B超检查。这个检查可以判断出有没有附睾炎，睾丸有没有肿块，有没有精索静脉曲张。
因为这些疾病均有可能会出现睾丸隐隐作痛，可以做前列腺的B超检查来明确一下前列腺有没有回声不均匀，有没有钙化。做尿液中前列腺小体外泄蛋白的检测，来判断有没有前列腺炎，前列腺炎也有可能会出现睾丸疼痛。
还可以做双肾输尿管膀胱的B超，明确有没有输尿管下段的结石。如果患有输尿管下段结石，结石会刺激输尿管，放射到睾丸，而引起疼痛的症状。