由于胃镜检查有许多禁忌症，所以，有些时候医生不建议做胃镜。例如，患有严重心肺疾病或休克昏迷的人，不适合做胃镜检查。
另外，怀疑上消化道穿孔、腹膜炎、腹水和严重腹胀的患者不适合做胃镜检查。胃镜检查不适用于颈椎外伤、脊柱畸形的患者，以及急性期吞咽腐蚀性物质的出血性疾病患者。
一般胃镜检查的适应证包括：反复腹痛，特别是上腹部和脐周疼痛，频繁呕吐，有明显的消化不良，如厌食、反酸、打嗝、腹胀、胃灼热等。还有不明原因的贫血、胸骨后痛，不能用心肺痛来解释，都需要胃镜检查。