矮小症的治疗根据不同的病因，采取不同的治疗方案。一般主要是通过补充营养、运动、心理治疗以及生长激素替代疗法等，一旦确诊早发现，早治疗，对以后的后遗症相对也会小一点。
治疗期间密切关注孩子的身高发育，定期到医院随访，两岁以后如果每年的生长速度大于5厘米，就可以排除矮小症。
矮小症患者还要注意营养均衡，但不要给孩子食用补品以免适得其反，在平时要注意充足的睡眠，多到户外运动和晒太阳，促进钙的吸收，促进孩子的骨骼发育。