取卵子对身体有一定的危害，但危害程度因人而异。
在取卵子的过程中如果操作不规范或者消毒不合格，容易将病原菌通过阴道带入宫腔内造成感染。卵巢位于盆腔内，取卵子的过程中，操作不当有可能对周围器官造成影响，比如直肠、膀胱、输尿管等。
偶尔一次取卵对身体的危害性相对比较小，但是反复进行取卵有可能导致卵巢功能早衰，也可能对身体内激素水平造成影响，导致女性身体内雌激素分泌量减少，使女性出现月经紊乱、月经量减少等症状。