新冠病毒跟流感病毒病原体不同，导致两种疾病的临床症状、辅助检查和预后也不同。
新冠病毒有的患者病情更重，可出现胸闷、气短和呼吸困难。流感病毒出现上述症状比较罕见。新冠病毒肺CT多可出现肺间质的改变，而流感病毒出现间质性改变的几率比较小。
新冠病毒感染的患者，新冠病毒核酸检测阳性，而流感病毒的患者，新冠病毒核酸检测是阴性的。有一部分新冠病毒的患者预后不良，甚至可出现死亡，而流感病毒一般情况下预后非常良好。