药物治疗骨肿瘤有副作用。治疗骨肿瘤的药物主要为化疗的药物，化疗药可以导致很多的副作用。
化疗药对骨髓的损伤很大，可以导致骨髓发生抑制，导致患者发生贫血的症状。化疗药物还可以损伤人体的血细胞，导致患者白细胞水平降低，使患者的抵抗力下降。化疗药还可以对胃肠道造成刺激，可以导致患者出现恶心、呕吐等症状。
化疗药还有严重的肝肾毒性，可以使患者出现不同程度的肝脏损害，有些患者可以出现肾功能的异常。化疗药对人的损害很大，治疗期间要监测肝、肾功能和血常规。