外耳道真菌病是有可能会导致鼓膜穿孔的现象出现。一方面，外耳道在受到真菌感染之后，由于逐渐形成的真菌团块对耳道黏膜组织的刺激，就造成少量的分泌物出现，从而引发外耳道的潮湿。而少量的分泌物以及潮湿的环境会对鼓膜造成刺激，可能引发穿孔现象出现。
另外一方面，大量的真菌在外耳道内繁殖，堆积形成的真菌团块等沉积物会对外耳道造成堵塞，从而影响耳道内正常的压力，引发鼓膜严重的凹陷。如果凹陷的时间增加、压力变化较大，也有可能会造成鼓膜的穿孔。