包涵体性结膜炎可以使用局部抗生素眼药水，或者是全身使用抗生素进行治疗。也可同时服用红霉素，必要时可以手术治疗。
包涵体性结膜炎的患者，治疗结束后还会有复发的可能，如果要是复发就可采用多西环素以及利福平进行治疗。具体采取什么方式治疗，要根据病情以及临床症状，还有患者自身有没有药物过敏史等，进行针对性的治疗。
包涵体性结膜炎可通过性传播以及产道传播。平时要加强对青年人的卫生知识，尤其是性教育知识的普及。发生包涵体性结膜炎一定要到医院进行正规的检查，进行系统、规范性的治疗。因为如果不系统、不规范治疗，可能会产生一些后遗症、并发症等。