如果肛瘘瘘管出现堵塞不治疗，肛瘘的症状会越来越严重。低位的肛瘘可能会蔓延到深部，形成多条瘘管和多个内口，最终形成高位复杂性的肛瘘，给后续的治疗带来困难。
如果瘘管出现堵塞，大量脓液聚积在瘘管内，导致瘘管的内压增高，最终可能会引起瘘管破裂，炎症蔓延到各部位有可能引起全身性的感染，严重的还会形成感染性休克。
因此，一旦肛瘘瘘管堵塞后要尽快做手术，将内口、瘘管和外口完全切除。术后再给予抗生素抗感染治疗，伤口塞引流纱条才能彻底治愈肛瘘。