新生儿乙型肝炎的主要传播途径是母婴传播。
首先，新生儿乙型肝炎绝大部分是通过母婴传播被感染的。母婴传播是指乙肝母亲其体内含有乙肝病毒，在怀孕期间将乙肝病毒通过胎盘传染给胎儿，胎儿感染乙肝病毒，这是新生儿乙型肝炎的主要感染途径。
其次，新生儿也可能由于其他疾病导致输注含有乙肝病毒的血制品，或者接触未完全消毒感染有乙肝病毒的医疗器械，而通过破损的黏膜进入到体内被感染乙肝，但是这是极为罕见的现象。
对于感染了乙肝的新生儿，需要立刻注射乙肝免疫球蛋白，尽量使感染得到阻断。