小便后刺痛根据病因不同所服用的药物也不同，常见的病因有泌尿系统结石、尿路感染、尿道炎等。
如果是泌尿系统结石引起的，由于尿路结石摩擦引起的刺痛，可服用肾石通颗粒、排石颗粒等药物治疗。若是疼痛严重，可以服用非甾体类抗炎药如布洛芬等减轻疼痛。
如果是尿路感染引起的，常见于革兰氏阴性菌感染，可以服用左氧氟沙星等，按时服药可以缓解症状。如果是尿道炎引起的，例如淋球菌性尿道炎可以服用头孢类抗生素抗感染治疗，非淋球菌性尿道炎可以服用四环素类，如多西环素、米诺环素配合抗菌药的治疗。