慢阻肺对肺部的损害，包括有对支气管粘膜的损害和对肺泡的损害。
慢阻肺的病理改变主要是慢性支气管炎和肺气肿，它可以引起支气管粘膜损伤和支气管周围纤维组织增生，进而引起支气管结构重塑。肺气肿主要是由于终末细支气管管腔狭窄，造成远端的肺泡、肺泡囊、肺泡永久性扩张，从而引起肺过度膨胀，肺泡的弹性减退，还可引起大小不等的肺大泡。
肺大泡还会出现持续性的气流受限，导致肺通气功能障碍，长时间会导致残气量增加，肺毛细血管网受挤压退化，造成肺通气血流比例失调，从而出现缺氧、二氧化碳潴留、呼吸衰竭等表现。