灰指甲需要积极给予抗真菌的药物治疗，而且要坚持用药治疗，这样才能够有效的根治灰指甲，预防灰指甲的复发。
灰指甲也称之为甲癣，由于指甲的结构特殊性，所以甲癣也是真菌感染中治疗难度比较大的一种皮肤疾病。通过局部外用加口服抗真菌的治疗，可以达到比较好的治疗效果。例如外用硝酸咪康唑乳膏，同时口服伊曲康唑分散片治疗。
在用药治疗甲癣前，可以先用陈醋进行泡洗，待指甲泡软后，然后尽量剔除病甲，这样局部用药效果会更佳。