如果没有明显的呼吸系统感染的症状，如咳嗽、发热等，肺炎支原体阴性是不需要治疗的。而如果患者有咳嗽症状，但肺炎支原体阴性，需要考虑除了支原体感染外其他原因引起的咳嗽等，根据不同的病因进行不同的治疗。
如果是病原体感染所导致的呼吸系统症状，则需要针对病原体使用敏感抗感染药物治疗。细菌感染使用有效地抗生素治疗，真菌感染则需要使用抗真菌的药物。
如果是肺间质纤维化、肺结核、肺癌等其他原因导致的咳嗽，都需要根据不同的病因使用不同的治疗方法。