部分复杂严重的先天性心脏病在剧烈哭闹时，引起缺氧发作时是会引起惊厥、抽搐的。
一般的先天性心脏病是不会引起惊厥，除非已经有低钙血症或癫痫等同患疾病时，当先天性心脏病的孩子出现低钙血症或是癫痫抽搐发生时，就会伴随心律失常、屏气呼吸、意识丧失而引起惊厥。发生惊厥时出现颜面及全身抽搐，当抽搐停止时意识也会逐渐自然恢复，缺氧症状也会有所消失。
另外，先天性心脏病常在儿童时期被发现，比如室间隔小缺损，这种情况是有可能自愈的。但是重度复杂的先天性心脏病患儿因症状重，会出现心衰症状，同时孩子发育迟缓以及皮肤黏膜紫绀等。