咽侧壁憩室通过咽喉镜检查，通常是无法有效发现并确诊。这是因为咽侧壁憩室的大小和位置并不确定，在进行咽喉镜检查时，多数不能准确的发现憩室口的存在。
因此，大部分患有咽侧壁憩室的患者，都是出现了典型的临床症状。例如明显的口臭、咽喉异物感以及食物反流等症状，甚至是有吞咽困难或者是声音嘶哑的表现。
在进行临床查体时，可以观察到患者的扁桃体窝等部位有小的开口，就可以初步诊断。如果想要最终确诊，可以进行憩室充气等的检查。