在临床上肾脏穿刺可用于对疾病的诊断和治疗，一般在肾内科，肾脏穿刺技术主要用于对肾小球肾炎、肾病综合征等疾病的确诊，经过肾穿刺的过程，获取肾脏组织从而可以做病理分析及电镜分析来确诊疾病的类型。那么在泌尿外科中，有些梗阻性的疾病，如肾积水、肾积脓可以通过肾穿刺造瘘达到引流尿液或者是脓液起到控制感染、改善肾功能的作用，肾脏穿刺作为一种外科操作技术，他同时有他的副作用，也就是他的坏处，其中包括穿刺后可能会出现短期的血尿，有些患者凝血功能障碍或者是出血较多时可能会出现肾周血肿而出现腰痛，严重者可能会引起休克。
再有就是可能会造成周围脏器的损伤，穿刺过程中肾脏周围有结肠、肝脏、脾脏等脏器干扰。穿刺过程中如果定位不准确而造成周围脏器勿穿，严重者要进行手术来处理相关的并发症。
再就是穿刺可能会造成局部的感染，因为肾脏属于深组织的脏器，穿刺后可能会将体表的细菌带入到肾脏实质内，从而造成泌尿系统或者是肾周的感染，患者会出现极剧的腰疼、发热或者脓尿等，这就是肾脏穿刺的利弊。