膝关节内侧疼痛的原因很多，有可能是外伤导致的。包括一些暴力损伤，比如车祸或者运动性的慢性损伤，可以导致内侧软骨的骨折、内侧副韧带的撕裂，或者内侧半月板的撕裂或者挫伤，引起膝关节内侧疼痛。
还有一些中老年人的膝关节内侧骨关节炎，是因为内侧关节面的长期的磨损、退变、骨质增生、关节面不平整，可以导致活动后的膝关节内侧疼痛。还有可能是膝关节内侧的骨肿瘤，包括骨肉瘤、软骨肉瘤，可以引起骨质破坏，引起膝关节内侧的疼痛。
另外，一些炎症类的疾病，比如类风湿性关节炎或者红斑狼疮性关节炎，也容易导致膝关节内侧疼痛。