念珠菌的治疗方法主要是采取抗真菌的治疗。念珠菌性阴道炎，现在也称为外阴阴道假丝酵母菌病。它是由于机体抵抗力下降，或者由于阴道内菌群环境失调，导致阴道内假丝酵母菌的异常增生。
假丝酵母菌感染是一种真菌感染，所以针对于念珠菌的治疗方法，主要是采取抗真菌的治疗。抗真菌的药物常用的有口服，以及阴道使用的药物。口服药物包括有氟康唑以及伊曲康唑，阴道使用的药物，包括有克霉唑、硝酸咪康唑以及制霉菌素等，可以根据病人的具体情况来选取药物进行治疗。
由于念珠菌容易反复感染，因此定期地复查和必要的巩固治疗是需要的。所以在念珠菌性阴道炎治疗以后，一定要进行连续三次的月经干净以后的阴道炎复查。