儿童支原体感染主要采用大环内酯类药物进行治疗，例如红霉素、阿奇霉素、克拉霉素等。现在比较常用的是用进口的阿奇霉素来治疗，药物的使用方法有输液和口服的。
如果孩子的症状比较轻，一般口服阿奇霉素就可以了，口服的方法为口服三天的阿奇霉素，然后停四天，重复两到四个疗程。
如果孩子的症状比较重的，建议采用输液的方法进行治疗，一般输五天阿奇霉素，停三到四天，然后改成口服，口服的方法和上述的一样。
支原体肺炎的治疗大概需要四个星期，抗生素的使用要足疗程、足量，否则病情容易反复发作。