结节主要指的是一些实质性的包块或者实质性的占位，而囊肿通常是一些囊性的包块，在包块的内部是液体，也就是水一样的物质。
结节有良性的，也有恶性的，而囊肿基本上都是良性的，恶性的可能性非常小。
结节可以发生在患者体内任何的部位，比如肺部、肝脏、甲状腺、乳腺等，只要是出现一些实质性的占位，都可以称为结节。但是在明确诊断是恶性的之后，通常就可以称为恶性肿瘤。而囊肿可以发生在患者的肝脏当中、肾脏当中，甚至会出现在卵巢当中等。如果囊肿小，一般不手术。如果囊肿大、有压迫等，也可以考虑做手术。