冻胚移植成功率和鲜胚移植成功率差不多。有些生殖中心可能冻胚成功率高于鲜胚。鲜胚移植时，由于卵巢经过超促排卵，体内雌激素水平较高，个别患者孕激素提前升高，可能导致子宫内膜容受性差。而且鲜胚移植，还有卵巢过度刺激的风险。
而冻胚移植经过了子宫卵巢的修养期，体内雌激素水平正常，子宫内膜容受性好，对冻胚的接受度高一些。但是冻胚也有缺点，一是治疗周期长，要等待2到3次月经后才能移植，这样就增加了胚胎冷冻和复苏的费用，还有冷冻胚胎的保存费用。二是胚胎经过冷冻和复苏后这两个温度急剧变化的阶段，可能对胚胎造成了伤害，有些胚胎复苏后不能存活。鲜胚移植就不需要这个问题。
两种移植方式各有利弊，成功率是差不多的。