慢性血源性骨髓炎有效的治疗方法是药物治疗和手术治疗相结合，才能取得更好的疗效。
慢性血源性骨髓炎其根本是由于细菌感染造成的炎症，在治疗药物的选择上首先是以抗生素为主要药物。可以通过菌培养以及药敏试验来选择敏感的药物进行使用，包括全身用药以及局部用药，也就是在慢性骨髓炎的部位进行抗生素的应用，可以和全身用药起到协同治疗效果。
另外，由于慢性骨髓炎的特点，常常会导致局部产生死骨、肉芽组织增生、骨质的硬化、增生以及死腔形成，这些病灶结构内血液循环比较差。治疗药物不能够到达治疗的部位，营养也不能及时输送，从而产生局部病灶的细菌残留，造成迁延不愈不能够恢复的情况。通过手术清除这些坏死的病灶，清除这些坏死组织，恢复局部的血液循环，能够带来药物同时带来营养，能够有效治疗疾病，同时促进局部组织的修复。