急性出血性结膜炎主要由肠道病毒感染所导致的，也有部分患者由于感染某些细菌导致的。
结膜位于眼球表面，有保护眼球的作用，含有丰富的血管。当病毒侵入结膜后，在结膜内大量繁殖，会引起急性出血性结膜炎。常见的引起该病的病毒种类，有新型肠道病毒以及柯萨奇病毒等。
当患者结膜感染这些病毒后，经过短暂的潜伏期，会迅速出现结膜充血、异物感、烧灼感、眼痛等临床症状。当患者的眼泪等分泌物接触到正常人时，容易造成流行性的感染。如果患者由细菌所感染的，症状类似，但传染性要稍微低一些。