大便黑臭粘马桶，通常是由于大便不成形、含有黏液比较多而引起。比如患有慢性肠炎、溃疡性结肠炎等疾病，就可能会引起肠黏膜溃烂、炎性渗出比较多，使大便中含有血液、黏液等，就会出现大便黑臭、粘马桶的现象。
另外，如果经常暴饮、暴食或者饥一顿饱一顿等，也可能会引起胃肠消化系统功能紊乱，导致食物在肠道内异常发酵、分解，也会引起大便黑臭、粘马桶的现象。多数这种情况通过饮食调理或者服用改善消化的药物，症状就会缓解。
还有，某些经常饮酒可能会在饮酒后出现大便黑臭、粘马桶的现象，多是酒精刺激胃肠道而造成。必要时需要进行肠镜检查，排除肠癌的可能。