牙周炎可以吃甲硝唑、头孢、青霉素等药物来进行治疗，但是需要明确的是牙周炎仅仅靠吃药是不行的，吃药只能起到一定的缓解作用，是无法根治牙周炎的。
导致牙周炎的最主要原因是牙菌斑，因此治疗的关键是要消除牙菌斑。牙菌斑可通过洁治术来清除，包括牙面上的牙菌斑，以及牙龈下的牙菌斑都需要彻底的清除，牙菌斑清除后再辅助药物治疗可以有效的消除炎症。
但是由于牙菌斑会持续的形成，因此为了避免牙周炎复发，需要定期进行清除，这样方可控制住炎症。