患了肠炎之后，首先要进行大便常规、血常规、肝肾功能、电解质、凝血等方面的检查，必要时最好行腹部CT及心电图检查。如果肠炎病情比较轻或处于平缓期，还可以行结肠镜检查。
肠炎有细菌性肠炎、病毒性肠炎及溃疡性肠炎之分。所以有条件的，在行结肠镜检查时，最好取少许肠粘膜组织进行病理检查，通过病理检查来最终确诊是哪种肠炎，以指导肠炎的后续治疗。
因为不同的肠炎有不同的治疗方法及药物，盲目治疗是不会得到满意的疗效。