核磁共振一般是不影响怀孕的。
在妊娠期，尤其是在妊娠早期，由于胚胎的生长发育处于一个非常敏感的时期，对于外界的放射线、毒物以及药物的影响比较敏感，也就是外界的一些不良因素有可能会导致胚胎的畸形，因此建议在妊娠期尽量要避免放射线的接触，但是核磁共振不是以放射线进行检查的，因此在妊娠期必要的时候可以进行核磁共振的检查。
妊娠期较为常用的核磁共振检查包括孕妇是否有脑血管畸形，包括孕妇会出现一些头晕的症状，要排除脑血管畸形一般进行核磁共振的检查。
再有就是由于前置胎盘，或者是考虑有胎盘植入，要了解胎盘植入的面积和深度，也要进行核磁共振的检查。另外对于胎儿的一些异常，有时候也需要进行核磁的检查，因此妊娠期是允许进行核磁共振的检查的。